Il buddhismo e l'islam sono le due principali religioni del Ladakh. Leh è prevalentemente buddhista, mentre Kargil è abitata principalmente da musulmani sciiti. Esiste anche una piccola popolazione di musulmani sunniti, oltre a indù, sikh e cristiani ladakhi.

I primi abitanti del Ladakh erano Aryani che attribuivano un potere divino alla natura e veneravano i suoi numerosi aspetti. Questa credenza era simile alle religioni vediche del subcontinente indiano.
Dopo il periodo del culto della natura, lo sciamanesimo o religione Bön si stabilì nel Ladakh. Come il culto della natura prima di esso, possedeva un pantheon di dei e dee. Nel Ladakh, l'attuale monastero di Lamayuru era il centro del potere di questa fede.
L'imperatore Ashoka inviò missionari nel Ladakh per convertire la popolazione in conflitto al buddhismo, con risultati contrastanti. Il buddhismo si stabilì veramente nel Ladakh solo quando i Kushan conquistarono la regione nel I e II secolo d.C. Il simbolo più visibile di questo periodo è lo stupa di Kanika nella valle dello Zanskar. Tuttavia, dopo la caduta dei Kushan, il buddhismo non sopravvisse a lungo nel Ladakh.
Quando il Ladakh fu integrato nell'Impero tibetano nel VII secolo, l'imperatore tibetano Songtsen Gampo iniziò un periodo di diffusione del buddhismo nei suoi domini, proseguito dagli imperatori Trisong Detsen e Tri Ralpachan. Il buddhismo conobbe un'età d'oro nell'VIII secolo, prima di essere soppresso dalle politiche dell'imperatore Langdarma e dalla caduta del Tibet in una guerra civile. Nel frattempo, il Ladakh era dominato da principi rivali.
Nel XI secolo, Yeshes Od di Guge, nipote minore del re Skyid Lde Nyima del Ladakh, rilanciò il buddhismo in Tibet, evento noto come "Seconda diffusione del buddhismo". Diversi monasteri buddhisti furono costruiti nel Ladakh. Questi monasteri sono spesso attribuiti al saggio Rinchen Zangpo, ma ricerche recenti suggeriscono altre origini. Tra questi, Alchi Choskor è noto a livello mondiale per i suoi affreschi. Il monastero di Nyarma, il più importante, fu saccheggiato e distrutto dagli invasori turchi sotto Mirza Haider nel XVI secolo.
Nel XII secolo furono fondati i primi grandi monasteri. Appartenevano all'antica setta Kadampa e includevano i monasteri di Likir, Thiksey e Spituk. Sotto il regno del re Lhachen Ngosdup Gon, giovani monaci furono inviati in Tibet per studiare la filosofia buddhista.
Fino alla metà del XV secolo, il buddhismo prosperò senza reale opposizione nel Ladakh. La figura principale di questo periodo fu Changsems Shesrab Zangpo, uno dei principali promotori della setta Gelugpa (o "Setta riformata"), che fondò il monastero di Stakmo. Il suo discepolo, Paldan Shesrab, stabilì il monastero di Thiksey, che divenne successivamente il monastero dominante della setta nel regno.
Nel 1382, Mir Syed Ali Hamdani arrivò nel Ladakh e compì le prime conversioni all'Islam. Si dice che fece costruire la moschea di Shey. Più tardi, nel XV secolo, Shamsuddin Iraqi giunse nel Ladakh e convertì una piccola parte della popolazione alla setta Noorbakshi dell'Islam. I primi musulmani del Ladakh erano mercanti del Kashmir che si stabilirono e sposarono donne ladakhi.
Verso la metà del XVI secolo, gran parte dell'ovest del Ladakh si convertì all'Islam sciita.
Il re Jamyang Namgyal (1595-1616) lanciò un'invasione del Baltistan per pacificare la regione, ma fu catturato. Il conflitto si concluse quando sposò una principessa balti, Gyal Khatoon, che arrivò nel Ladakh con un grande seguito stabilito a Chuchot.
Nel XVII secolo, il maestro tibetano Staktsang Raspa fu invitato nel Ladakh dal re Singey Namgyal. Quest'ultimo gli offrì supporto finanziario e politico. Staktsang Raspa fondò diversi monasteri, tra cui il più importante, il monastero di Hemis, nel 1630, su un antico dominio reale.
Questa guerra complessa si concluse con il trattato di Tigmosgang, che ridusse notevolmente l'indipendenza del Ladakh, in particolare in materia religiosa. La sconfitta delle forze ladakhi di fronte agli invasori tibeto-mongoli e la loro dipendenza dall'Impero Moghul costrinsero il re del Ladakh a sottostare alle richieste di entrambe le parti, comportando interferenze tibetane nella politica religiosa del regno.
Dopo la conquista del Ladakh da parte dei Dogra, il potere reale declinò, causando una diminuzione del sostegno finanziario ai monasteri. L'assenza di mecenatismo e la fine delle dotazioni ai religiosi rallentarono la loro espansione e, in alcuni casi, provocarono il loro declino. Le grandi famiglie terriere, discendenti dell'antica aristocrazia ladakhi, continuarono comunque a sostenere materialmente alcuni monasteri in cambio di privilegi religiosi e sociali.
Il XIX Kushok Bakula nacque nel 1918 nella famiglia reale di Matho. All'età di 3 anni, fu riconosciuto come la reincarnazione di Arhat Bakula, uno dei sedici discepoli diretti del Buddha. Nel 1940 ottenne un diploma di Geshe Lharampa dal monastero di Loseling Drepung, quindi tornò nel Ladakh. Dopo l'indipendenza dell'India, divenne una figura di rilievo nel Ladakh, conducendo riforme sociali come l'abolizione dei sacrifici animali e la lotta contro il sistema delle caste.

La scuola Drukpa si è stabilita nel Ladakh con l'arrivo di Staktsang Raspa e il successivo patrocinio del re Singey Namgyal e dei suoi successori. Nonostante le affermazioni di alcuni scrittori tibetani su una presunta discriminazione nei confronti della scuola Gelugpa, i sovrani ladakhi furono relativamente tolleranti verso le altre scuole e le altre religioni. La fondazione del monastero di Hemis nel 1632, inizialmente un eremo, e la sua emergenza come sede del potere di Staktsang Rinpoche, precettore reale del regno del Ladakh, inaugurarono un periodo di rinascita architettonica nel Ladakh. Ancora oggi, grazie alla sua importanza storica, questa scuola ha il maggior numero di adepti tra le sette buddhiste.
Il Ladakh conobbe l'ascesa della scuola Gelugpa più o meno contemporaneamente al Tibet, cioè poco prima della metà del XV secolo. Changsems Shesrab Zangpo, principale discepolo di Tsongkhapa, fondatore della scuola, fu responsabile della sua introduzione nel Ladakh. I monasteri di questa scuola sono distribuiti in tutta la regione, i principali sono i monasteri di Thiksey e Spituk. Rizong Sras Rinpoche è l'unico ladakhi ad aver raggiunto il trono di Galdan, la posizione più prestigiosa di questa scuola.
La scuola Drigung Kagyu, fondata nel 1179 in Tibet, si diffuse nel Ladakh nel secolo successivo. La figura principale di questa scuola nel Ladakh fu Chosrje Danma Kunga Tagspa, emersa nel XVI secolo. I principali monasteri sono Lamayuru, Phyang e Shachukul.
La scuola Sakya ha un piccolo numero di adepti nel Ladakh. Il suo principale (e unico) monastero nella regione è il monastero di Matho.
Il monastero di Takthok è l'unico monastero appartenente a questa scuola nel Ladakh.
In caso di decesso, vengono eseguiti rituali per un certo numero di giorni, secondo le indicazioni di un astrologo. Successivamente, il corpo viene cremato in cerimonie elaborate che seguono le tradizioni specifiche della scuola buddhista a cui appartiene la famiglia.
Ogni casa buddhista possiede generalmente una cappella, che è il centro dei rituali periodici eseguiti dai monaci locali. Ogni scuola ha i propri rituali specifici. Un rituale comune è lo Skangsol, che si tiene in autunno per segnare il raccolto delle colture.
Secondo il calendario buddhista, ci sono festival monastici durante tutto l'anno. Il più grande di essi è l'Hemis Tsechu, celebrato nel monastero di Hemis il decimo giorno del quinto mese del calendario buddhista. Al di fuori dei festival monastici, la principale festa celebrata dai buddhisti è il Losar, il Capodanno ladakhi, che si svolge durante i primi tre giorni dell'undicesimo mese del calendario buddhista. A Leh, le festività continuano fino al Dosmochey, che si tiene alla fine dell'inverno.

La corrente sciita dell'Islam è la più diffusa nel Ladakh. Costituisce la maggioranza della popolazione del distretto di Kargil ed è ben rappresentata anche nella valle di Nubra e a Chuchot, nel Ladakh centrale.
Questa corrente dell'Islam è presente in entrambi i distretti del Ladakh. La maggior parte dei suoi seguaci discende da mercanti kashmiri che si sposarono con donne ladakhi e si stabilirono nel Ladakh. I loro discendenti sono chiamati Arghon.
La corrente Noorbakshi deve la sua origine nel Ladakh a Mir Shamsuddin Iraqi, che giunse nella regione nel XV secolo.