Buddhismus und Islam sind die beiden Hauptreligionen in Ladakh. Leh ist mehrheitlich buddhistisch geprägt, während Kargil überwiegend von schiitischen Muslimen bewohnt wird. Darüber hinaus gibt es eine kleine Gemeinschaft sunnitischer Muslime sowie ladakhische Hindus, Sikhs und Christen.

Die ersten Bewohner Ladakhs waren Arier, die der Natur göttliche Kräfte zuschrieben und ihre zahlreichen Erscheinungsformen verehrten. Diese Glaubensvorstellungen ähnelten den vedischen Religionen des indischen Subkontinents.
Nach der Phase der Naturverehrung setzte sich in Ladakh der Schamanismus bzw. die Bön-Religion durch. Wie zuvor besaß auch dieser Glaube ein Pantheon aus Göttern und Göttinnen. In Ladakh war das heutige Kloster Lamayuru einst das Machtzentrum dieser Religion.
Kaiser Ashoka entsandte Missionare nach Ladakh, um die dortige Bevölkerung zum Buddhismus zu bekehren, allerdings mit begrenztem Erfolg. Erst als die Kuschana-Dynastie die Region im 1. und 2. Jahrhundert n. Chr. eroberte, konnte sich der Buddhismus dauerhaft etablieren. Das sichtbarste Zeugnis dieser Epoche ist der Kanika-Stupa im Zanskar-Tal. Nach dem Niedergang der Kuschana verschwand der Buddhismus jedoch erneut weitgehend aus Ladakh.
Als Ladakh im 7. Jahrhundert Teil des Tibetischen Reiches wurde, leitete der tibetische Kaiser Songtsen Gampo eine Phase der Verbreitung des Buddhismus ein, die unter den Kaisern Trisong Detsen und Tri Ralpachan fortgesetzt wurde. Im 8. Jahrhundert erlebte der Buddhismus eine Blütezeit, bevor er unter Kaiser Langdarma unterdrückt wurde und Tibet in einen Bürgerkrieg zerfiel. Währenddessen wurde Ladakh von rivalisierenden Fürsten beherrscht.
Im 11. Jahrhundert leitete Yeshe Öd von Guge, ein jüngerer Enkel des ladakhischen Königs Skyid Lde Nyima, eine Wiederbelebung des Buddhismus in Tibet ein, bekannt als die „Zweite Verbreitung des Buddhismus“. In dieser Zeit entstanden zahlreiche buddhistische Klöster in Ladakh. Viele werden dem Gelehrten Rinchen Zangpo zugeschrieben, auch wenn neuere Forschungen auf weitere Ursprünge hinweisen. Besonders bekannt ist Alchi Choskor mit seinen einzigartigen Wandmalereien. Das bedeutende Kloster Nyarma wurde im 16. Jahrhundert von turkstämmigen Invasoren unter Mirza Haider geplündert und zerstört.
Im 12. Jahrhundert wurden die ersten großen Klöster gegründet, die der frühen Kadampa-Schule angehörten, darunter Likir, Thiksey und Spituk. Unter König Lhachen Ngosdup Gon wurden junge Mönche nach Tibet entsandt, um dort buddhistische Philosophie zu studieren.
Bis zur Mitte des 15. Jahrhunderts konnte sich der Buddhismus in Ladakh weitgehend unangefochten entfalten. Eine Schlüsselfigur dieser Epoche war Changsems Shesrab Zangpo, ein führender Vertreter der Gelugpa-Schule („Reformierte Schule“), der das Kloster Stakmo gründete. Sein Schüler Paldan Shesrab errichtete das Kloster Thiksey, das später zum wichtigsten Gelugpa-Kloster des Königreichs wurde.
Im Jahr 1382 erreichte Mir Syed Ali Hamdani Ladakh und führte erste Konversionen zum Islam durch. Ihm wird der Bau der Moschee von Shey zugeschrieben. Im 15. Jahrhundert bekehrte Shamsuddin Iraqi einen Teil der Bevölkerung zur noorbakhshischen Richtung des Islam. Die ersten Muslime in Ladakh waren Händler aus Kaschmir, die sich niederließen und ladakhische Frauen heirateten.
Bis zur Mitte des 16. Jahrhunderts war der Großteil Westladakhs zum schiitischen Islam übergetreten.
König Jamyang Namgyal (1595–1616) versuchte, Baltistan militärisch zu befrieden, wurde jedoch gefangen genommen. Der Konflikt endete, als er eine baltische Prinzessin, Gyal Khatoon, heiratete, die mit einem großen Gefolge nach Ladakh kam und sich in Chuchot niederließ.
Im 17. Jahrhundert wurde der tibetische Meister Staktsang Raspa von König Singey Namgyal nach Ladakh eingeladen und finanziell sowie politisch unterstützt. Er gründete mehrere Klöster, darunter 1630 das bedeutende Kloster Hemis auf einem ehemaligen königlichen Anwesen.
Dieser komplexe Konflikt endete mit dem Vertrag von Tigmosgang, der die Unabhängigkeit Ladakhs stark einschränkte, insbesondere in religiösen Angelegenheiten. Die Niederlage gegen tibetisch-mongolische Truppen und die Abhängigkeit vom Mogulreich zwangen den König von Ladakh, Zugeständnisse zu machen, was zu tibetischem Einfluss auf die Religionspolitik führte.
Nach der Eroberung Ladakhs durch die Dogras verlor das Königshaus an Einfluss, und die finanzielle Unterstützung der Klöster ging zurück. Das Ende staatlicher Zuwendungen bremste deren Entwicklung und führte teilweise zu Niedergang. Dennoch unterstützten große Grundbesitzerfamilien aus dem alten ladakhischen Adel weiterhin einige Klöster im Austausch für religiöse und soziale Privilegien.
Der 19. Kushok Bakula wurde 1918 in der königlichen Familie von Matho geboren. Im Alter von 3 Jahren wurde er als Reinkarnation von Arhat Bakula, einem der 16 direkten Schüler Buddhas, anerkannt. 1940 erlangte er den Titel Geshe Lharampa am Kloster Loseling Drepung und kehrte anschließend nach Ladakh zurück. Nach der Unabhängigkeit Indiens wurde er zu einer prägenden Persönlichkeit Ladakhs und setzte sich für soziale Reformen ein, darunter die Abschaffung von Tieropfern und den Kampf gegen das Kastensystem.

Die Drukpa-Schule etablierte sich in Ladakh mit der Ankunft von Staktsang Raspa und durch die spätere Förderung durch König Singey Namgyal und seine Nachfolger. Trotz der Behauptungen einiger tibetischer Autoren über eine Diskriminierung der Gelugpa-Schule zeigten sich die ladakhischen Herrscher insgesamt tolerant gegenüber anderen Schulen sowie gegenüber anderen Religionen. Die Gründung des Klosters Hemis im Jahr 1632, ursprünglich eine Einsiedelei, und sein Aufstieg zum Machtzentrum von Staktsang Rinpoche, dem königlichen Lehrer des Königreichs Ladakh, leiteten eine Phase architektonischer Erneuerung in Ladakh ein. Noch heute zählt diese Schule aufgrund ihrer historischen Bedeutung die größte Zahl an Anhängern unter den buddhistischen Traditionen der Region.
Der Aufstieg der Gelugpa-Schule in Ladakh erfolgte nahezu zeitgleich mit ihrer Ausbreitung in Tibet, also kurz vor der Mitte des 15. Jahrhunderts. Changsems Shesrab Zangpo, der Hauptschüler von Tsongkhapa, dem Gründer der Schule, war maßgeblich für ihre Einführung in Ladakh verantwortlich. Die Klöster dieser Schule sind über die gesamte Region verteilt, wobei Thiksey und Spituk die bedeutendsten sind. Rizong Sras Rinpoche ist der einzige Ladakhi, der jemals den Thron von Galdan bestieg, die höchste und prestigeträchtigste Position dieser Schule.
Die Drigung-Kagyü-Schule wurde 1179 in Tibet gegründet und verbreitete sich im darauffolgenden Jahrhundert in Ladakh. Die prägendste Persönlichkeit dieser Schule in Ladakh war Chosrje Danma Kunga Tagspa, der im 16. Jahrhundert wirkte. Die wichtigsten Klöster dieser Schule sind Lamayuru, Phyang und Shachukul.
Die Sakya-Schule hat in Ladakh nur eine geringe Zahl an Anhängern. Ihr einziges und zugleich wichtigstes Kloster in der Region ist das Kloster Matho.
Das Kloster Takthok ist das einzige Kloster dieser Schule in Ladakh.
Im Todesfall werden über mehrere Tage hinweg Rituale durchgeführt, deren Dauer von den Anweisungen eines Astrologen abhängt. Anschließend wird der Leichnam im Rahmen aufwendiger Zeremonien verbrannt, die den spezifischen Traditionen der buddhistischen Schule folgen, der die Familie angehört.
Jeder buddhistische Haushalt verfügt in der Regel über eine Hauskapelle, die das Zentrum regelmäßiger Rituale darstellt, die von lokalen Mönchen durchgeführt werden. Jede Schule besitzt ihre eigenen spezifischen Rituale. Ein gemeinsames Ritual ist das Skangsol, das im Herbst stattfindet und die Ernte feiert.
Dem buddhistischen Kalender folgend finden das ganze Jahr über Klosterfeste statt. Das größte unter ihnen ist das Hemis Tsechu, das im Kloster Hemis am 10. Tag des 5. Monats des buddhistischen Kalenders gefeiert wird. Abgesehen von den Klosterfesten ist das wichtigste Fest der Buddhisten das Losar, das ladakhische Neujahr, das an den ersten drei Tagen des 11. Monats des buddhistischen Kalenders begangen wird. In Leh dauern die Feierlichkeiten bis zum Dosmochey an, das am Ende des Winters stattfindet.

Die schiitische Strömung des Islam ist in Ladakh am weitesten verbreitet. Sie stellt die Mehrheit der Bevölkerung im Distrikt Kargil und ist außerdem stark im Nubra-Tal sowie in Chuchot in Zentralladakh vertreten.
Diese Strömung des Islam ist in beiden Distrikten von Ladakh präsent. Die meisten ihrer Anhänger sind Nachkommen kaschmirischer Händler, die ladakhische Frauen heirateten und sich dauerhaft in Ladakh niederließen. Ihre Nachkommen werden als Arghon bezeichnet.
Die Noorbakshi-Strömung geht in Ladakh auf Mir Shamsuddin Iraqi zurück, der im 15. Jahrhundert in die Region kam.